Bốn cấu trúc tinh thể khác nhau của niken(II) điphosphat đã được biết đến. Dạng bình thường tương đương với muối magnesi và nhóm không gian B21/c. Từ 565 ℃, dạng nhiệt độ cao thu được là kiểu của Thortveitit với nhóm không gian C2/m. Dạng γ- có cấu trúc giống muối kẽm tương ứng.[1] Dạng thứ tư có cấu trúc tinh thể đơn nghiêng (nhóm không gian P21/a).[4]